Konsep penubuhan Pusat Penyelidikan Kesihatan Alam Sekitar (PPKAS) telah dicadangkan pada 'Persidangan Kebangsaan Kesihatan Alam Sekitar' yang pertama pada tahun 1994 di Genting Highland oleh Kementerian Sains dan Teknologi Alam Sekitar Malaysia dan Kementerian Kesihatan Malaysia. Sehubungan dengan itu, PPKAS telah ditubuhkan pada September 1996, dengan penetapan semula Unit Ekologi Perubatan. Pada tahun 2005, penstrukturan semula PPKAS telah dilakukan dengan menubuhkan tiga buah unit baru iaitu Unit Penilaian Risiko Kesihatan Alam Sekitar, Unit Kesihatan Pekerjaan dan Unit Pengurusan Penyelidikan Kesihatan Alam Sekitar.
Objektif utama Pusat ini adalah untuk menjalankan penyelidikan, latihan dan memberi khidmat konsultasi berkaitan alam sekitar dan kesihatan pekerjaan. Kesan alam sekitar terhadap manusia adalah teras utama dalam penyelidikan. Penyelidikan tertumpu untuk mengesan dan menilai impak dan risiko alam sekitar kepada kesihatan masyarakat. Ini memerlukan integrasi data daripada penilaian pendedahan (exposure assessment), toksikologi, parasitologi, mikrobiologi dan virologi.