Pada tahun 1992, Bahagian Parasitologi dan Helmintologi telah ditukarkan kepada Bahagian Parasitologi dan diketuai oleh Dr. Karen Lai P. F. Manakala, pada tahun 1996 Bahagian Malaria dan Filariasis juga telah dibubarkan dan kesemua aktiviti penyelidikan, diagnostik dan latihan telah diambil alih oleh Bahagian Parasitologi dengan Dr. Lokman Hakim Sulaiman sebagai ketua bahagian selepas persaraan awal Dr. Karen Lai. Bahagian ini juga bertindak sebagai Pusat Kerjasama WHO untuk Limfatik Filariasis.
Malaria sering menjadi masalah kesihatan awam terutamanya di kalangan Orang Asli di Semenanjung Malaysia dan penduduk luar bandar di Sabah. Penyelidikan yang dijalankan terus memberi tumpuan kepada ujian kerintangan dadah. Pelbagai pusat percubaan ujian klinikal (1993/1994) mendedahkan bahawa kadar rintangan dadah (gred RII dan RIII) bagi Chloroquine dan Sulfadoxin-pyrimethamine (SP) adalah kurang memuaskan. Ia adalah ubat peringkat awal yang boleh digunakan untuk merawat kes falciparum malaria. Gabungan chloroquin, SP dan primaquine juga digunakan sebagai rawatan awal bagi kes falciparum malaria yang tidak rumit.
Pada tahun 1998, Kementerian Kesihatan Malaysia telah menandatangani Memorandum Persefahaman dengan WHO/TDR mengenai pemindahan teknologi dalam pembangunan ubat-ubatan dengan penekanan khusus kepada ubat antimalaria. Salah satu bidang yang diperkukuhkan di bawah program ini adalah menjalankan ujian klinikal (fasa II dan fasa III) yang mengikut garis panduan Amalan Klinikal Baik Antarabangsa (ICH- GCP). Ujian klinikal dijalankan di Sabah untuk menilai ubat-ubatan antimalaria yang baru, khususnya ubat dari terbitan artemenisim. Sempena Program Perubatan Herba IMR, kompaun baru telah diskrin bagi ciri-ciri antimalaria untuk pembangunan selanjutnya.
Seperti kebanyakan kes malaria (70%) yang dilaporkan di Sabah, penekanan kajian telah dialihkan ke negeri ini. Laporan terdahulu Anopheles balabacensis, iaitu vektor utama bagi malaria yang membiak di kawasan pinggir hutan, menunjukkan bahawa langkah-langkah pencegahan melalui kaedah anti-larva adalah tidak berkesan. Sehubungan itu, satu kajian di Ranau Sabah, di mana kawasan ini adalah kawasan malaria endemik, menunjukkkan nyamuk juga membiak di sekitar kampung-kampung. Kajian rintis telah dijalankan untuk menilai keberkesanan kaedah larviciding yang lebih inovatif iaitu dengan menggunakan bakteria Bacillus thuriengiensis yang mampu membunuh larva nyamuk.
Pada penghujung tahun 1980-an, Bahagian Malaria dan Filariasis telah memulakan kajian ke atas penyakit parasit dengan menggunakan kaedah molekular dan bioteknologi. Beberapa klon antibodi monoclonal (mAbs) telah dihasilkan terhadap parasit malaria dan filaria dan prob DNA telah diuji untuk mengesan parasit filaria didalam nyamuk. Pada 1993, sehubungan dengan perkongsian teknologi dalam program kerjasama bersama Agensi Kerjasama Antarabangsa Jepun (JICA), lebih banyak kajian yang menggunakan kaedah molekular dan bioteknologi dijalankan. Sepanjang 3 tahun program berjalan, pelbagai kaedah PCR telah diuji untuk diagnosis malaria dan teknik-teknik molecular digunakan untuk mengkaji parasit dan sistem imun di peringkat molekular
Kaedah molekular dan bioteknologi juga digunakan untuk mengkaji penyakit-penyakit parasit yang lain. Sebagai contoh, isu kontroversi berkenaan Blastocystis hominis sebagai ejen kasual penyakit cirit birit telah disiasat menggunakan kaedah ini. Beberapa klon mAbs dihasilkan terhadap parasit ini dan sesetangah klon ini mampu mengenalpasi klon yang dipencilkan dari pesakit yang bersimptom sedangkan yang lainya tidak dapat. Ini menyokong pendirian beberapa penyelidik yang percaya bahawa parasit boleh wujud dalam 2 bentuk, patogenik dan tidak patogenik. Ciri-ciri ini sedang dikaji diperingkat molekular.
